Berdasarkan  Peraturan Daerah tersebut diatas , RSUD dr Ben Mboi membuat penyusunan dan pelaksanaan kebijakan dibidang keuangan, dengan menerapkan PPK-BLUD , bidang penunjang medis dan non medis, bidang pelayanan medis, bidang keperawatan dan ketatausahaan

Rumah Sakit Umum Daerah  dr Ben Mboi Ruteng adalah Rumah Sakit Kelas C. Secara fungsional ditetapkan berdasarkan Keputusan Menteri Kesehatan Republik Indonesia Nomor : 47/MENKES/V/1998 tanggal 20 Mei 1998, dan secara struktural melalui Perda Nomor 2 Tahun 1999 tanggal 14 April 1999 yang telah disahkan oleh Gubernur NTT Nomor 63/HK/1999 tanggal 22 November 1999. Pada tahun 2008, melalui Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2008 tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Tekhnis Daerah,yang telah mengalami perubahan melalui Peraturan Daerah Kabupaten Manggarai Nomor 4 Tahun 2014 Pentang Perubahan Ketiga atas Peraturan Daerah Nomor 5 Tahun 2008 Tentang Pembentukan Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Teknis Daerah Kabupaten Manggarai (Lembaran Daerah Kabupaten Manggarai Nomor 5 Seri D Nomor 4); dan penetapan tersebut mengacu pada kondisi Rumah Sakit yang sudah menerapkan PPK-BLUD sebagaimana yang sudah ditetapkan penerapannya melalui Keputusan Bupati Manggarai Nomor HK/339/2013 Tahun 2013 tentang Penetapan Penerapan Pola Pengelolaan Keuangan Badan Layanan Umum Daerah pada Rumah Sakit Umum Daerahdengan  Susunan Organisasi sebagaimana terlampir (Lampiran 1).